Enlaces

• Sociedad Española de Microbiología
• Jóvenes Investigadores de la Sociedad Española de Microbiología
• Microbiology conference

Herramientas para análisis bioinformáticos

Paquetes de programas de análisis:

• BioEdit (descargable).
• Galaxy.
• GeneInfinity.
• Online Bioinformatics Resources Collection (OBRC).
• Sequence Manipulation Suite (SMS2).

Alineamiento múltiple de secuencias:

Programas de alineamiento múltiple local.

• Block Maker (Fred Hutchinson Cancer Research Center) (Weizmann Institute).
• L-align (Documentación) (en realidad, no es múltiple, es pareada).
• Macaw (Manual).
• MEME.

Programas de alineamiento múltiple progresivo.

• Clustal W2 (EMBL) (Wageningen)(Expasy)(GenomeNet) (Referencia).
• Clustal W (descarga).

Programas de alineamiento múltiple reiterativo.

• DiAlign (Referencias).
• DiAlign-TX (Referencia).
• MultAlin (Documentación).

Programas combinados de alineamiento múltiple.

• Clustal Omega (EBI, Pasteur).
• COBALT (NCBI).
• MUSCLE (MUltiple Sequence Comparison by Log- Expectation, (EBI), (original), (Wageningen).
• ProbCons (Stanford, Max-Planck).

• T-COFFEE en (EBI) (Original) (Wageningen).

Programa de representación de comparaciones.

• BOXSHADE.

Jalview (aplicación JAVA de visualización de alineamientos).

Análisis de restricción de fragmentos de DNA:

• Hypertext DNA Sequence Display.
• Restriction Mapper.
• TACG Restriction Mapper.
• Web Cutter 2.0 Funciona mejor con Explorer.
• Watcut.

The Antibody Resource Page.

Base de datos de Vectores.

Biblioteca virtual sobre Microbiología y Virología.

BLAST en el NCBI:

• Comparaciones con bases de datos de DNA (BLAST N). 
• Comparaciones con bases de datos de proteínas (BLAST P).
• Comparaciones con bases de datos de proteínas con búsqueda repetida (PSI-BLAST).
• Comparaciones con bases de datos de dominios conservados (RPS-BLAST).
• Comparación de dos secuencias de DNA o proteínas entre sí (BLAST-2).
• Comparación de un fragmento pequeño con la base de datos (BLAST-short).
• BLAST-X.
• T-BLAST-N.
• T-BLAST-X.

Búsqueda de MOTIVOS en proteínas (Bases de datos secundarias):

• BLOCKS database.
• CDD (Conserved Domain Database).
• INTERPRO (INTEgrated documentation Resource for PROtein families).
• MEME(Multiple Em for Motif Elicitation).
• MOTIF Search.
• PFAM (Protein Family Alignments using hMMs).
• PRINTS (Protein Pingerprints).
• PRODOM (PROtein DOMain Database).
• PROSITE (Dictionary of Protein Sites and Patterns).
• SMART (Simple Modular Architecture Research Tool).

Descarga de programas (EBI, Genamics, Kropinsky, Taller).

Diseño de oligonucleótidos (jPCR), (NCBI), (PRIMER3) (PRIMER3 v4.0 MIT) o (PRIMER3 Plus) (PRIMER3plus).

Dot Matrix Alignments (DOTLET).

ENTREZ :

• Herramientas generales.
• ENTREZ-DNA (búsqueda de secuencias de DNA).
• ENTREZ-Estructuras 3D (búsqueda de estructuras tridimensionales, precisa Cn3D) (Cn3Dlocal).
• ENTREZ-Proteínas (búsqueda de secuencias de proteína).
• ENTREZ-Genomas (búsqueda de secuencias de genomas completos).

Ensamblaje de secuencias:

• CAP3. (Artículo).
• CAP3 en el Pasteur Institut.
• CAP3 en el IFOM.
• CAP3 en el Pôle Rhône-Alpes de Bioinformatique.
• Contig Viewer (instalable para Linux).
• EGassembler.

Filogenia:

• Phylip. (Documentación Phylip).
• Phylip para RNA ribosómico (antigua).
• Dibujo de árboles.
• Descarga de WebPhylip.
• Otros programas de filogenia.
• Descarga de MEGA5.

Genómica y análisis funcional (hay más herramientas en las páginas Eucariotaso Procariotas:

• Clusters of Ortholog Groups (COG).
• ENSEMBL (European Bioinformatics Institute).
• Entrez genomes.
• Gene Ontology (GO).
• Genomes on line (GOLD).
• KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes).
• Module networks.
• NCBI Map Viewer.
• Stanford Genomic Resources.

Herramientas en el CNIO (Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas):

Análisis de DNA y proteínas.

Herramientas en EMBL:

• BLAST.
• WUBlast con postprocesado.
• ClustalW.
• FastA nucleotide.
• FastA protein.

Herramientas en el NCBI:

• COGnitor (Clasificación filogenética de proteínas).
• ORF Finder (búsqueda de ORFs).
• VecScreen (determinación de la presencia de DNA de vectores, polilinkers o adaptadores).

Identificación de proteínas por huella peptídica:

• MASCOT.
• MS-Fit.
• ProFound.

INTERACCIÓN DE PROTEÍNAS (BASES DE DATOS):

• DIP (Database of Interacting Proteins).
• PIM (Hybrigenics).

MEDLINE (PUBMED).

• Microarrays de DNA:
• Affymetrix.
• Arrays en el CNIO.
• Software para microarrays en el laboratorio de Michael Eisen.
• Laboratorio de Pat Brown.
• LIMMA y R.
• Software para crear microarrays y analizarlos.
• Información básica sobre microarrays.

PREDICCIÓN de ESTRUCTURA SECUNDARIA de proteínas:

• JPred3.
• Predator.
• PredictProtein.
• PSI-Pred.

PREDICCIÓN DE ESTRUCTURA 3D DE PROTEÍNAS:

• 3D-PSSM.
• Phyre2 (Protein Homology/analogY Recognition Engine v.2.0).
• SWISSMODEL.

PREDICCIÓN de GENES y ORFs en DNA genómico:

• AUGUSTUS.
• FGENESH. (Artículo).
• FrameD. (Artículo).
• GeneID.
• GeneMarkS (> 1 Mbp) (Artículo).
• GENSCAN en MIT o en el Institut Pasteur (Artículo 1) (Artículo 2).
• GenomeScan.
• GLIMMER-M.
• HMMgene.
• ORF-FINDER.
• t-RNA-Scan.

PREDICCIÓN DE QUIMERAS EN SECUENCIAS DE DNA

• Bellerophon.
• Chimera check (Greengenes).
• Chimera detection (Ribosomal Database Project II).
• DECIPHER (Chimera detection).
• Pintail (aplicación JAVA para descargar).

PREDICCIÓN de SECUENCIAS PROMOTORAS en DNA:

• MEME (Multiple Em for Motif Elicitation).
• Neural Network Promoter Prediction.
• Promoter 2.0 Prediction Server.
• Regulatory Sequence Analysis Tools.
• Sitios de unión de factores de transcripción (TFSiteScan).
• Sitios de unión de factores de transcripción (TFSearch).
• WWW Promoter Scan.

PREDICCIÓN de SEÑALES en proteínas :

• DAS Transmembrane prediction server (Hélices transmembrana).
• NetPhos (Sitios de fosforilación en proteínas eucariotas).
• Signal IP (Péptidos señal).
• SPLIT (Membrane Protein Secondary Structure Prediction Server).
• TMHMM Server (Hélices transmembrana).

PROTEIN DATA BANK (PDB) (Estructuras 3D de proteínas, requiere JAVA).

• Protein Comparator (precisa ChimeSP6 o SP7).

Protein Extraction, Description and Analysis Tool (PEDANT3).

USO de CODONES

• GRAPHICAL CODON USAGE ANALYZER.
• CODON ADAPTATION TOOL.
• OPTIMIZER (Optimización de secuencias de DNA y proteínas).
• CODON USAGE DATABASE .

Utilidades en la red:

• Center for Biological Sequence Analysis (CBS).
• Indiana University Bio Archive.
• Kropinsky.
• MolBiolNet.
• Pedro´s Biomolecular Tools.
• Softberry.
• Software libre en la red sobre Biología Molecular

Yeast Exploration Tool Integrator (YETI).